La creencia generalizada de que los yacimientos geotérmicos representan una fuente energética no contaminante ha jugado un papel importante respecto al interés por su desarrollo. Parece, no obstante, que se han planteado algunas dudas con relación al equilibrio del medio ambiente que hasta el momento actual no tienen respuesta, debido a la falta de experiencia. Entre los posibles factores adversos cabría enumerar:
Resulta pues evidente que un abuso indiscriminado de esta energía (igual que de todas las demás) podría afectar negativamente el actual equilibrio ecológico. Con horizontes a medio y largo plazo ello no debe suponer un freno a la utilización de la energía geotérmica como complementaria a las energías convencionales ya que, conociendo los posibles problemas de antemano, se podrán arbitrar las soluciones adecuadas para paliar su impacto sobre el medio ambiente.