Algunos autores atribuyen a J. von Neumann la paternidad de los virus. En un artículo de 1949, "Teoría y organización de autómatas complicados", expone la idea de una porción de código que se reproduce y, por tanto, está "viva". Posteriormente, en 1955, el mismo autor contempla la posibilidad de crear un autómata capaz de reproducirse en su artículo "El ordenador y el cerebro".
Sin embargo, la clave del origen de la difusión del fenómeno vírico se ha querido situar en una serie de artículos publicados en la revista Scientific American por A.K. Dewdney, el primero de los cuáles apareció en 1984 con el título "Juegos de ordenador: en el juego de la 'Guerra Nuclear' dos programas hostiles entablan, sin ayuda externa, batallas de bits". En este primer artículo se explica el programa llamado "Guerra Nuclear" (o mejor, "Guerra en el Núcleo") ["Core War"], juego en el que no intervienen activamente los usuarios. En él, dos programas hostiles luchan para obtener el control de la memoria del ordenador.
En el transcurso de 1984 se define públicamente, por primera vez, el término "virus de ordenador" en el artículo "Virus de ordenador: teoría y experimentos", cuyo autor era F. Cohen, y en el que se explicaba este tipo de programas como soporte lógico maligno capaz de reproducirse a sí mismo.
En el año 1987 se produjo la primera contaminación masiva de ordenadores de sistema operativo Macintosh, por medio del virus llamado "Macmag" o "Peace". El virus hizo público en la pantalla de los ordenadores contaminados el 2 de marzo de 1988 (primer aniversario de la aparición del ordenador Macintosh II) un mensaje pidiendo paz entre los pueblos, e inmediatamente se destruyó a sí mismo.
A partir de este año se generaliza la aparición de diferentes virus de efectos más o menos nocivos y con mayor o menor difusión. En la actualidad, se conocen miles de virus sólo de los sistemas operativos DOS y Windows y la sociedad ha reaccionado para defenderse de este fenómeno. Sin embargo, la falta de transparencia informativa sobre el tema ha impedido muchas veces mantener a los usuarios informados sobre el desarrollo de estos programas, de los síntomas para detectarlos y de los medios para combatirlos.