Cada vez que se enciende el ordenador y se carga el DOS, el programa de carga busca en el directorio raíz del disco de arranque los ficheros de sistema (IO.SYS, MSDOS.SYS, COMMAND COM) y dos ficheros de configuración del sistema: CONFIG.SYS y AUTOEXEC.BAT. Ambos son ficheros de texto, modificables, que contienen ciertas órdenes específicas que se leen y ejecutan cada vez que el usuario enciende o reinicializa el ordenador. Aunque éste puede funcionar sin estos ficheros, su operatividad distará mucho de ser óptima sin algunas de las definiciones contenidas en ellos. A continuación se estudiarán estos dos ficheros, indicando sólo las órdenes principales que deben contener(7).
7. Si se pulsa la tecla F5 cuando aparece el mensaje "Iniciando MS-DOS" se termina directamente el proceso de inicialización, sin ejecutarse los ficheros CONFIG.SYS y AUTOEXEC.BAT, lo cual puede ser útil para detectar y corregir errores que se hayan cometido al introducir las órdenes de dichos ficheros.