Para gestionar las particiones de un disco duro, el DOS incorpora la orden externa FDISK, que permite realizar las siguientes operaciones (los borrados no son recuperables):
Para formatear discos (duros y flexibles) y así darles la estructura lógica del DOS, este sistema operativo incorpora la orden FORMAT, cuya sintaxis simplificada es:
FORMAT unidad [parámetros]
Obsérvese que se pierden todos los datos almacenados cuando se formatea un disco, si esta operación no se hace por primera vez sobre un disco.
Cuando el disco ha de ser arrancable (generalmente un disco duro), tendrá que conte-ner los ficheros básicos del sistema operativo. Estos ficheros (IO.SYS, MSDOS.SYS y COMMAND.COM) se conocen como "ficheros de sistema" y se transfieren al disco que se desea mediante la orden SYS, cuya sintaxis simplificada es:
SYS [parámetros] unidad_destino
Si se desea etiquetar un disco con un nombre (de hasta 11 caracteres), puede hacerse con la orden externa LABEL:
LABEL [parámetros]