La presencia de compuestos químicos por encima de determinados niveles de concentración suele ser la que más afecta a la calidad del agua. Los compuestos orgánicos dan al agua un carácter reductor, ya que son capaces de combinarse con el oxígeno disuelto en ella. Los productos inorgánicos varían de forma importante propiedades del agua como su acidez, alcalinidad, carácter corrosivo o toxicidad.